História vývoja školstva v Malatinej je skromne zaznamenaná v kanonických vizitáciách a školskej kronike.

V Malatinej sa začalo vyučovať  v roku 1798 po zriadení kaplánskej stanice v dome sirôt, ktorý „ už-už hrozil zrútením“. Žiaci sa učili čítať, písať, počítať, náboženstvo, slovenčinu, latinčinu a maďarčinu. Deti z chudobných rodín učebnice nemali.

Prvú školu postavili v r. 1828. Budova bola drevená s miestnosťami pre učiteľský byt. Školu navštevovali len chlapci, od roku 1833 aj dievčatá.

V 60-tych rokoch  školská budova priestorovo nevyhovovala. Vedenie obce sa rozhodlo postaviť  novú školu s bytom pre učiteľa.

V roku 1904 sa zvýšil počet žiakov, obec prijala druhého učiteľa a vyučovalo sa v dvoch školských budovách.

Do dejín školy sa významne zapísal rok 1925. Prikročilo sa k výstavbe novej dvojtriednej školskej budovy. Bola vysvätená 8.júna 1927. Postupne ju dopĺňali potrebným inventárom a učebnými pomôckami. Narastal počet školopovinných detí a dve triedu už nepostačovali. V roku 1931 prišlo k rozšíreniu  o jednu postupovú triedu. Obecná ľudová škola sa  pretvorila na trojtriednu  Rímsko-katolícku ľudovú školu.

Škola prežívala krušné časy počas 2. svetovej vojny. V školskom roku 1948/49 sa pre žiakov 6.-9. ročníka zriadilo oddelenie Neúplnej strednej školy . Bol posledným školským rokom, ktorý končil slávnostným Te Deum v chráme božom. V nasledujúcim rokoch bola  Neúplná stredná škola oddelená od Národnej školy.   Uvažovalo sa o zaradení žiakov 6.-8. Postupového ročníka do niektorej školy v Dolnom Kubíne. 1.9.1956 bola škola pretvorená na Osemročnú strednú školu v Malatinej.

Od začiatku 60-tych rokov sa stále častejšie uvažovalo  o potrebe výstavby novej školy. Napriek veľkým problémom sa podarilo školu dokončiť a 31.8.1961 odovzdať do užívania. 1. septembra žiaci zasadli do nových lavíc osem triednej školy. Tu už vyučovali prví učitelia, ktorí prežili svoj pracovný život v obci - p. uč. Milada Tomláková, Štefánia Kočalková, Ernest Kadučák, Zuzana Zápotočná.

Učitelia  sa podieľali na organizovaní kultúrnych akcií, vydávali bleskovky a dedinské noviny. Žiaci pod vedením p.uč. Anny Fikáčkovej nacvičili divadelné predstavenie, pripravovali rozhlasové relácie, zostavili školský časopis, zúčastňovali sa súťaží, brigádnicky sa podieľali na úpravách okolia školy, výsadbe lesných i okrasných stromov a kríkov.

Celkom nová kapitola dejín školy sa začala príchodom Mgr. Silvestra  Cehlárika.  Pedagogický kolektív, rodičia i obec prijali jeho koncepciu regionálnej výchovy. Po štyroch rokoch overovania sa stala škola známa nielen na Orave ale aj na celom Slovensku. Učili sa v nej nové predmety ako ľudové remeslá, ekológia obce, kalendárne zvyky a obyčaje a iné. Na chodbe školy sa objavila brána, akou sa kedysi domov vracal tunajší richtár. Dodnes je v erbe školy.  Na škole vznikol detský folklórny súbor Skalka. Spoločne s detskou ľudovou hudbou úspešne reprezentoval školu a vystupoval na  mnohých prehliadkach a podujatiach nielen v škole, v obci, ale aj v rámci okresu.

S príchodom nového tisícročia škola zaznamenala viaceré významné zmeny. Od 1.7.2002 získala právnu subjektivitu. Začalo sa s prácami na výstavbe sedlovej strechy s betónovou škridlou. Významným medzníkom sa stal 1.1.2004, kedy sa Základná škola a Materská škola v Malatinej spojili  a ich nástupníckou organizáciou sa stala Základná škola s materskou školou Malatiná. Jej zriaďovateľom  sa stala Obec Malatiná.